La Pontificia Academia Mariana Internationalis naît dans l'Ordre des Frères Mineurs. Le 27 juillet 1946, le Ministre Général créa au Collège International St. Antoine à Rome une Commissio Marialis Franciscana, dans le but de coordonner et promouvoir les études sur la doctrine et la dévotion mariales dans l'Ordre des Frères Mineurs. Ces études concernaient tout particulièrement le dogme de l'Immaculée Conception, dont on voulait célébrer le centenaire et l'Assomption de Marie, dont la définition était imminente. À cet regard on célébrait plusieurs Congrès assomptionistes. Président de laCommisio a été nommé P. Carlo Balic, qui dirigeait déjà la Cattedra Mariana, fondée peu de temps avant au Pontificium Athenaeum Antonianum. Les 'Ordinationes peculiares' de cette Commissio, approuvées par le Définitoire Général le 30 avril 1947, prévoyaient la constitution d'une Academia Marianaavec un rôle spécifique d'organiser débats et conférences scientifiques et de préparer l'édition de la 'Bibliotheca Mariana'. Cette Academia a été inaugurée officiellement par le Ministre Général, P. Pacifico Perantoni, le 29 avril 1947 pendant le premier Congrès Mariologique des Frères Mineurs d'Italie. Selon les Statuta peculiaria c'est au Ministre Général, en tant que Président Honoraire, de nommer la direction de l'Academia, qui commença immédiatement son travail en collaboration avec la Commissio.
Les activités de la Commissio-Academia donnèrent au P. Balic la possibilité de connaître beaucoup de représentants du monde théologique et marial des différentes parties du monde. C'était pendant les rencontres assomptionistes qu'il a rencontré les mariologues les plus connus dans le monde catholique et a eu la possibilité d'échanger les idées et les points de vue, en remarquant les divergences, confusions et même contradictions. Tous cela lui a permis de mûrir l'idée de transformer la Commissio-Academia en un organisme international, ouvert à tous, pour la coordination des études mariales dans le monde entier. De cette manière il était possible de réunir les efforts accomplis par les mariologues et d'unifier et partager de différentes opinions et recherches pour un progrès de la mariologie. Cela se réalisa en 1950, avec la célébration du premier Congrès Mariologique International et du huitième Congrès Marial International, où l'on présenta au monde théologique l'Academia Mariana Internationalis. Après cet événement décisif, il y avaient les Congrès de 1954 et de 1958, où l'Academia prouva sa compétence dans l'organisation de ces grandes rencontres internationales. Mais, puisque on exigeait un permis spécial pour chacune des célébrations des Congrès Internationaux, on a proposé au Saint-Siège d'instituer un organe permanent qui pouvait promouvoir et modérer les Congrès Mariologico-Mariaux Internationaux. Cette tâche a été confiée à l'Academia Mariana. De cette manière, le 8 décembre 1959, le pape Jean XXIII, avec le motu proprio Maiora in dies, a conféré à l'Académie le titre 'Pontificale' en instituant un Comité permanent chargé de préparer et d'organiser la célébration des Congrès Mariologico-Mariaux Internationaux. Tel Comité, avec les statuts approuvés par Jean Paul II, le 12 janvier 1997, correspond au Conseil de l'Académie.
Le travail de la PAMI s'annonça ainsi par un double but : promouvoir et favoriser les études scientifiques, tantôt spéculatives, tantôt historico-critiques, sur la Vierge Marie, en organisant, en temps déterminés, les congrès et les conférences mariaux, et en préparant la publication des collections mariales soit à caractère historique soit celles consacrées à l'étude de la théologie mariale.
Par la volonté de l'Église, l'Academia doit être un organisme international et central pour la coordination du travail mariologique de chaque nation et de chaque section scientifique. Ce travail de coordination a été souligné dans le document pontifical de Jean XXIII qui écrivait : "Il est notre désir que cette Académie, comme elle l'a fait jusqu'aujourd'hui, ait la sollicitude de mettre tout en oeuvre pour l'avenir, en unissant de façon amicale ses forces et ses intentions à celles de toutes les autres académies et sociétés mariales qui existent dans le monde entier pour contribuer à donner louange et honneur à la Vierge Marie".
